馬甸水利樞紐改建工程的關鍵詞就是“樞紐”兩個字。要成為樞紐，就要能灌、能排、能航。要達到這個標準，改建工程需要在現有的基礎上，建設抽水站，增設船閘。
在馬甸節制閘南邊有一座抽水站，建于1973年，用機械來調節內河水位。市水務局總工程師朱雪林介紹，由于當時歷史條件限制，抽水站設計標準低，周邊建筑物沒有配套到位，為恢復馬甸抽水站引排功能，經省發改委立項批準，同意恢復馬甸抽水站，設計標準是60立方米每秒。
馬甸抽水站建成后，可以用機械作業的方式調節內河水位。城區河道禁航后，過船閘船閘也將停用，未來的馬甸樞紐將增加船閘功能。市水務局總工程師朱雪林介紹，配套增設的船閘按五級航道標準設計，同時可增設排澇流量為113立方米每秒，項目建成后可大大改善通南地區的灌溉排澇標準。
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